モツゴというより別名の「クチボソ」の方が釣り人には馴染みがあるだろう。「クチボソ」の名の通り、上向きの小さな口をしている小魚で、その口の小ささゆえに針がかりさせるのが難しいと言われている。 専門的に狙う事はあまりなく、ヘラブナ釣りなどにおける「ジャミ」(エサ取り)としてよく知られている。 汚れた水や環境の変化に強く、卵を壁面に産み付ける事ができるのでコンクリートで護岸された環境でも繁殖できる。その適応力の高さからか、近縁のシナイモツゴ(絶滅危惧種)の分布域(東北・関東)にモツゴが侵入した結果、シナイモツゴがすっかり駆逐されてしまった所もある。 普通食用にする事はあまりないが、甘露煮や佃煮にして食べる事もある。